1959年至1970年6月中国科学院西双版纳热带植物园建制隶属于中国科学院昆明植物研究所。1970年7月经国务院批准下放地方,改称云南省热带植物研究所,隶属于云南省科委领导。1978年3月经国务院批准收归中国科学院,改称中国科学院云南热带植物研究所,直属于中国科学院领导。1987年1月中国科学院对云南三个生物学机构体制调整,除实验植物群落研究室划归中国科学院昆明生态所外,其余并入昆明植物研究所，恢复中国科学院西双版纳热带植物园名称,建制隶属于中国科学院昆明植物研究所。1996年9月，经中央机构编制委员会办公室批准，将西双版纳热带植物园从中国科学院昆明植物研究所划出，与中国科学院昆明生态所合并组建为中国科学院西双版纳热带植物园，建制隶属中国科学院领导。

 

名称	批准建立时间	批准机关	领导隶属关系
中国科学院西双版纳热带植物园	1959.1	中国科学院云南分院	中国科学院昆明植物研究所
云南省热带植物研究所	1970.7	国务院	云南省科委
中国科学院云南热带植物研究所	1978.3	国务院	中国科学院
中国科学院西双版纳热带植物园	1987.1	中国科学院	中国科学院昆明植物研究所
中国科学院西双版纳热带植物园	1996.9	中央机构编制委员会办公室	中国科学院